核酸吸光度、分子量、摩尔浓度之间的相互换算

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核酸吸光度、分子量、摩尔浓度之间的相互换算光度计测量的转换:

双链DNA (ds DNA)：A260 = OD260 = 1 相当于50 µg/ml溶液
单链DNA(ss DNA)：A260 = OD260 = 1相当于33 µg/ml溶液
RNA：A260 = OD260 = 1相当于40 µg/ml溶液
参考文献：Freifelder, D., Physical Biochemistry: Applications to Biochemistry Molecular Biology, W.H. Freeman and Company, CA, 1982, p. 494-536.

核酸分子量计算方程式：
吸光度(A)＝摩尔消光系数×浓度×长度
500 bp的双链DNA＝325,000 Daltons
500 nt*的单链DNA＝162,500 Daltons *nt = nucleotide
dNMP的平均分子量＝325 Daltons

寡聚体定量：
20-mer，A260 = 1的贮存液含有5 nmol寡聚体：5 nmol = 33 µg/(20×325)
40-mer，A260 = 1的贮存液含有5 nmol寡聚体：2.5 nmol = 33 µg/(40×325)
pmol为单位的引物转换为µg为单位的引物：
（X pmoles×长度bp×325）/ 1,000,000
例：10pmoles的25-mer，则为
（10pmol×25bp×325）/ 1,000,000 = 0.081 µg primer
µg为单位的引物转换为pmol为单位的引物：
（X pmoles×1,000,000）/（长度bp ×325）
例：0.1µg的20-mer，则为
（0.1µg×1,000,000）/（20bp×325）= 15.4 pmoles primer

PCR扩增反应引物浓度的计算：
引物毫摩尔浓度（mM）= pmoles/µl
例1：100µl PCR反应体系中有20pmol的引物 = 0.20 mM
例2：引物为24bp，并溶解于0.1ml µl H2O中；
10µl溶液稀释至1.0ml测定其A260为：A260 = OD260 = 0.76；
则贮存液在260nm（A260）的吸光度为76；
0.1ml的贮存液含有7.6个单位的A260；
引物碱基组成为：A=6, C=6, G=6, T=6；
260nm引物的摩尔消光系数 = a(16,000) + b(12,000) + c(7,000) + d(9,600)

注：a、b、c、d分别是 A's、G's、C's、T's的碱基个数；
PCR引物的摩尔消光系数= 6(16,000) + 6(12,000) + 6(7,000) + 6(9,600) = 267,600
则PCR引物贮存液的摩尔浓度为：76/267,600 = 284 mM

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1A260 吸光度值=ds DNA50mg/ml
=ss DNA33mg/ml
=ss RNA40mg/ml
(OD260) x (dilution factor) x [33 或40或50]/ (1000) = mg/ml
MW = 克/摩尔
1 摩尔= 6.02 x 1023 摩尔分子(拷贝数)

平均分子量:
dsDNA=(碱基数) x (660 道尔顿/碱基)
ssDNA=(碱基数) x (330 道尔顿/碱基)
ssRNA=(碱基数) x (340 道尔顿/碱基)

拷贝数计算公式:
(6.02 x 10的23次拷贝数/摩尔) x (浓度g/ml) / (MW g/mol) = copies/ml.
例：3000 碱基质粒， 浓度100 ng/ml ， MW = 3000 bp x 660 dalton/bp = 1.98 x 10的6次 daltons，1 mol = 1.98 x 10的6次 g.
(6.02 x 10的23次拷贝数/摩尔) x (1x 10的-7次克/微升) / (1.98 x 10的6次 克/摩尔) = 3 x 10的10次 copies/ml.
oligo’s:(mg/ml) / MW x 10的6次 = mM

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